จากแผนพัฒนาสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 - 2549 มีเป้าหมายระบุถึงการสร้างเสริมสุขภาพและการป้องกันโรคกับการสนับสนุนการพัฒนาศักย ภาพทางปัญญาของระบบสุขภาพ ยุทธศาสตร์การพัฒนาสุขภาพ ข้อที่ 6 ที่ระบุให้ดำเนินการพัฒนากำลังคนด้านสุขภาพเพื่อรองรับการเปลี่ยนแปลง และระบบสุขภาพใหม่ แต่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งประกอบด้วย 19 จังหวัด ประชากร 20 ล้านคน หรือประมาณ 1 ใน 3 ของประเทศ กลับมีคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยขอนแก่นเพียงแห่งเดียว จึงเห็นควรมีการจัดตั้งคณะแพทยศาสตรเพิ่มขึ้นในภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง เนื่องจากจังหวัดอุบลราชธานี เป็นจังหวัดใหญ่มีโรงพยาบาลขนาด 1,000 เตียง และขณะนี้มหาวิทยาลัยอุบลราชธานีมีความพร้อมที่จะขยาย การผลิตบุคลากรในสาขาที่จำเป็นและขาดแคลนอีกทั้งเป็นความต้องการของประชาชนส่วนใหญ่ ได้แก่ สาขาแพทยศาสตร์และวิทยาศาสตร์สุขภาพ

โครงการก่อตั้งวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุขริเริ่มโดย นพ.ไพจิตร ปวะบุตร อดีตปลัดกระทรวงสาธารณสุขซึ่งนัดหมายให้มีการประชุมอย่างไม่เป็นทางการในวันที่ 27 กรกฎาคม 2544 เรื่องการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี การประชุมครั้งนี้มีตัวแทนจากมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี คือ ศ.ดร.ประกอบ วิโรจนกูฏ และ ศ.นพ.ประสิทธิ์ เพ็งสา ร่วมด้วยตัวแทนจากโรงพยาบาลสรรพสิทธิประสงค์ คือ นพ.กวี ไชยศิริ ผู้อำนวยการโรงพยาบาลพร้อมด้วยตัวแทนแพทย์จากโรงพยาบาลสรรพสิทธิประสงค์เข้าร่วมประชุมโดยมีสาระสำคัญสรุปได้ดังนี้ที่ประชุมเห็นพร้อม ในการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ โดยความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีและโรงพยาบาลสรรพสิทธิประสงค์ ในวันที่ 3 กันยายน 2546 มีการบันทึกความร่วมมือระหว่างโรงพยาบาลสรรพสิทธิประสงค์และมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีในการผลิตบัณฑิตแพทย์ก่อนหน้านั้นในเดือนตุลาคม 2545 ศ.ดร.ประกอบ วิโรจน์กูฎ ได้ขออนุญาตให้ ศ.นพ.ประสิทธิ์ เพ็งสา มาช่วยปฏิบัติราชการ ณ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เพื่อร่วมก่อตั้งโครงการวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข จนกระทั่งสภามหาวิทยาลัยมีคำสั่งให้ ศ.นพ.ประสิทธิ์ เพ็งสา ดำรงตำแหน่งเป็น คณบดีผู้ก่อตั้งโครงการวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข

สืบเนื่องด้วย มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี โดยวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข ได้รับจัดสรรงบประมาณประจำปีงบประมาณ 2554 เพื่อก่อสร้างอาคารศูนย์การศึกษาและวิจัยทางการแพทย์ จำนวน 1 หลัง ในวงเงินจำนวน 235 ล้านบาท (สองร้อยสามสิบห้าล้านบาทถ้วน) ผูกพันงบประมาณ 3 ปี ระหว่างปีงบประมาณ พ.ศ. 2554-2556 และผูกพันงบประมาณมหาวิทยาลัยฯ มีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างงานและกระจายรายได้ ซึ่งเป็นการลงทุนภาครัฐในโครงการที่จะสร้างขีดความสามารถในการแข่งขันของประเทศในอนาคต พร้อมกับการสร้างโอกาสให้ภาคเอกชนในการลงทุนกระตุ้นเศรษฐกิจ ฉะนั้น เพื่อให้การบริหารงบประมาณประจำปีงบประมาณ 2554 เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและเกิดประโยชน์สูงสุดแก่ทางราชการ

โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี หรือ “อาคารศูนย์การศึกษาและวิจัยทางการแพทย์ (โรงพยาบาล)” ก่อตั้งขึ้นบนบริเวณ ภายในมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ลักษณะเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ขนาด 9 ชั้น พื้นที่ใช้สอย 19,000 ตารางเมตร เพื่อรองรับเตรียมความพร้อมเป็นโรงพยาบาลหลักในการฝึกสอนทางคลินิกของวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี และเพื่อผลิตบุคลากรทางการแพทย์และสาธารณสุขตามความต้องการของภาคอึสานและของภูมิภาค และตามนโยบายของรัฐบาลที่จะนำภูมิภาคให้บริการอาคารผู้ป่วยนอก ให้บริการที่หลาหลาย อาทิ ตรวจโรคทั่วไป คลินิกเฉพาะทาง บริการตรวจทางห้องปฏิบัติการ บริการทางตรวจพิเศษต่างๆทางรังสีและประเทศไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางด้านการเมือง เศรษฐกิจและสังคม